Родился 17 февраля 1867 года в Одессе в семье потомственного морского офицера. Окончил Морское училище в Петербурге. Служил на Балтике и Тихом океане; в 1898 году в чине лейтенанта ушел в запас. Плавал на океанских торговых судах. В начале 1904 года был мобилизован, с января 1905 года - командир миноносца на Черноморском флоте. В начале революции 1905-1907 годов организовал в Севастополе «Союз офицеров - друзей народа», затем участвовал в создании «Одесского общества взаимопомощи моряков торгового флота» - одной из первых на морском транспорте профсоюзных организаций. 2 ноября 1905 арестован за выступления на митингах матросов. 16 ноября1905 года добились его освобождения. 20 ноября Шмидт получил отставку и чин капитана 2-го ранга.

С началом Севастопольского восстания военная организация социал-демократов предложила Петру Шмидту стать военным руководителем восстания.

После подавления восстания, Шмидт и три матроса были приговорены к смерти и 19 марта 1906 года расстреляны на острове Березани (близ города Очакова).